An den Hochschulen in Köln und Münster studierte er Quer- und Traversflöte sowie Musikwissenschaft. Parallel dazu studierte Karl Kaiser außerdem mit Abschluss Theologie und Philosophie an den Universitäten in Bonn und Köln, entschied sich dann aber für den Beruf des Musikers. Neben seiner Mitgliedschaft im Ensemble Camerata Köln ist Karl Kaiser Mitglied und Flötist beim Freiburger Barockorchester und bei La Stagione Frankfurt. Außerdem verbinden ihn Jahre der Zusammenarbeit mit dem Ensemble Musica Antiqua Köln, dem Reicha’schen Quintett und mit Musica Alta Ripa. Mit diesem Ensemble nahm er 1999 das gesamte Werk mit Flöte von Johann Sebastian Bach auf. 2002 spielte er mit dem Freiburger Barockorchester als erster das in Kiew wiedergefundene Concerto per il Flauto traverso in D ein, 2003 mit Mitgliedern des Freiburger BarockConsorts Telemanns Pariser Quartette. Karl Kaiser hat eine Professur an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Frankfurt und unterrichtet an der Hochschule für Musik Freiburg.